Phát hiện và phân tích đa hình nucleotit (SNPs) bằng công cụ Tin sinh học

Bioinformatics Tools for Single Nucleotide Polymorphism Discovery and Analysis Clifford RJ, Edmonson MN, Nguyen C, Scherpbier T, Hu Y, Buetow KH Tóm lược Xác định các thay đổi của một nucleotit (Single nucleotied polymorphisms – SNPs) vô cùng có ý nghĩa trong nghiên cứu cơ sở di truyền của bệnh....

Phân tích so sánh hệ gene của các chủng vi khuẩn lao kháng thuốc ở Nga

Original title: Comparative Genomic Analysis of Mycobacterium tuberculosis Drug Resistant Strains from Russia Authors: Elena N. Ilina, Egor A. Shitikov, Larisa N. Ikryannikova, Dmitry G. Alekseev, Dmitri E. Kamashev, Maja V. Malakhova, Tatjana V. Parfenova, Maxim V. Afanas’ev, Dmitry S. Ischenko, Nikolai A. Bazaleev, Tatjana G. Smirnova, Elena E. Larionova,...

Phát hiện cơ chế sinh ra gen mới qua 40.000 thế hệ E. coli

Bài báo http://europepmc.org/articles/PMC3461117 công bố năm 2012 mô tả những thí nghiệm mà nhà khoa học Richard E. Lenski đã thực hiện trong suốt 20 năm qua: Ông đã nuôi cấy 12 mẫu vi khuẩn E. coli qua 40.000 thế hệ trên môi trường thiếu đường glucose, giàu muối citrate và bảo quản...

Quy trình xác định đột biến hệ gen

Hiện nay, Chúng tôi đã cài đặt, thử nghiệm thành công quy trình phân tích, xác định và đánh giá đột biến gen SNP/INDEL từ dữ liệu đọc trình tự thế hệ mới với các thiết bị đọc trình tự khác nhau như Illumina MiSeq/HiSeq, ionTorrent PGM, với các giai...

Phân tích đột biến trên gen ABL1

Ở phân tích này, chúng tôi tiến hành xác định đột biến trên gen ABL1 của các bệnh nhân. Dữ liệu trình tự gene ABL1 từ mẫu bệnh phẩm thu được từ thiét bị đọc trình tự gen thế hệ mới Illumina MiSeq với độ sâu rất lớn (trên 200KX)....

Xác định đột biến SNP/Variant của hệ gen vi khuẩn lao Việt Nam

Hệ gen vi khuẩn lao thu được từ bệnh phẩm tại bệnh viện Lao đã được giải trình tự bằng thiết bị đọc trình tự thế hệ mới Illumina Miseq. Từ dữ liệu trình tự hệ gen vi khuẩn lao đó, chúng tôi tiến hành so sánh với các hệ...

Phát hiện ung thư bằng cách xét nghiệm đột biến gene

Ngày 10/10, Bệnh viện Ung bướu Hà Nội chính thức khai trương đơn vị xét nghiệm gene – áp dụng kỹ thuật tiên tiến nhất thế giới hiện nay về công nghệ sinh học trong chẩn đoán và điều trị ung thư. Đây là BV đầu tiên của ngành Y...

Định dạng dữ liệu FastA và FastQ

Dữ liệu về các chuỗi DNA được giải mã bởi các trung tâm công nghệ sinh học khác nhau trên thế giới. Và một trong những khó khăn đầu tiên của các nhà quản lý thông tin gặp phải là dữ liệu từ các trung tâm khác nhau có thể...

Các cơ sở dữ liệu sinh học

Hiện nay, cơ sở dữ liệu về tin sinh học được lưu trữ rất nhiều trên các ngân hàng cơ sở dữ liệu như: DDBJ(Ngân hàng csdl DNA của Nhật), GenBank (ngân hàng csdl sinh học của Mỹ), EMBL (csld dự đoán tương tác protein-protein), miRBASE (ngân hàng csdl về...

Metagenomics với Thiết bị giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)

Các vi sinh vật là rất cần thiết cho các hoạt động của sinh quyển (Falkowski et. al., 2008). Tuy nhiên, mức độ hiểu biết các chủ đề chính như mức độ đa dạng và phân bố, tương tác sinh thái, lịch sử tiến hóa và trao đổi chất cộng...