Lập bản đồ Nhiễm sắc thể như thế nào?
Sau khi lắp ráp contigs, scaffold (assembly), một câu hỏi đặt ra là làm thế nào để sắp xếp các contigs, scaffolds theo đúng hướng, đúng trật tự thành các nhiễm sắc thể. Để thực hiện việc này, chúng ta cần thêm một số thông tin, và lưu ý rằng...
Đảm bảo chất lượng hệ gen
Đảm bảo chất lượng của việc lắp ráp hệ gen và chú giải hệ gen là rất quan trọng, nếu chất lượng thấp thì nó sẽ gây ra nhiều hậu quả bởi vì sẽ có nhiều nhóm nghiên cứu khác sử dụng hệ gen này làm tham chiếu cho việc...
Thông báo Tuyển thực tập sinh
Hiện nay, phòng Tin sinh học đang có nhu cầu tuyển thực tập sinh tham gia dự án xây dựng bản đồ hệ gen. Các thực tập sinh sẽ được đào tạo, hướng dẫn và thực tập các công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (Next Generation Sequencing),...
Lắp ráp Contig (contig assembly)
Một contig là một đoạn trình tự liên tục có được từ việc lắp ráp các đoạn read có vùng trùng lặp với nhau, các đoạn read này được tạo ra khi sử dụng phương pháp giải trình tự từ dưới lên (bottom-up). Với phương pháp giài trình tự từ...
Lập bản đồ genome
Với sự phát triển nhanh chóng của kỹ thuật giải trình tự, chi phí giải trình tự gen giảm rất nhanh trong những năm tử 2008 đến 2012. Chi phí để giải mã 1Mb và Genome giảm tương ứng là 100,000 và 10,000 lần (Kris Wetterstrand, DNA Sequencing Costs, http://www.genome.gov/sequencingcosts/...
Phát triển thành công quy trình lắp ráp bộ gen mới
Viện Genome hợp tác cùng với Bộ Năng Lượng Hoa Kỳ (DOE JGI) là một trong những tổ chức hàng đầu thế giới về giải trình tự bộ gen của vi khuẩn, tập trung vào các ứng dụng tiềm năng của chúng trong lĩnh vực năng lượng sinh học và...
Khác biệt giữa Dự đoán gen và Chú giải gen khi lập bản đồ gen
Mặc dù thuật ngữ ‘Dự đoán gen’ (gene prediction) và ‘chú giải gene’ (gene annotation) thường đượ sử dụng giống nhau nhưng thực ra thì chúng khác nhau. Ngoại trừ một số ngoại lệ, các chương trình dự đoán gen (gene predictor) tìm các đoạn trình tự có khả năng...
Ý nghĩa các con số thống kê khi lập bản đồ genome
Bản đồ genome được lập từ các scaffolds và contigs. Contigs là các đoạn trình tự liên tục thu được từ các đoạn reads (đoạn trình tự nhỏ) gối nhau. Scaffolds là tập các contigs được sắp xếp theo trật tự và được nối kết với nhau. (Hình minh họa...
Phương pháp enzyme giải trình tự DNA
Phương pháp enzyme được Sanger và các cộng sự phát minh cũng vào năm 1977, và ngày hôm nay phương pháp này càng ngày càng được hoàn thiện và thực hiện dễ dàng tại các phòng thí nghiệm. Nguyên tắc chung của phương pháp này có thể tóm tắt như...
Phương pháp hóa học giải trình tự DNA
Vào năm 1977, Maxam và Gilbert đã phát minh được một phương pháp hóa họcđể có thể giải trình tự một đoạn DNA. Nguyên tắc của phương pháp này là: Trướchết là phải đánh dấu một đầu của đoạn DNA cần phải giải trình tự bằng một gốc phospho đồng...
