Phân tích đột biến trên gen ABL1
Ở phân tích này, chúng tôi tiến hành xác định đột biến trên gen ABL1 của các bệnh nhân. Dữ liệu trình tự gene ABL1 từ mẫu bệnh phẩm thu được từ thiét bị đọc trình tự gen thế hệ mới Illumina MiSeq với độ sâu rất lớn (trên 200KX)....
Xác định đột biến SNP/Variant của hệ gen vi khuẩn lao Việt Nam
Hệ gen vi khuẩn lao thu được từ bệnh phẩm tại bệnh viện Lao đã được giải trình tự bằng thiết bị đọc trình tự thế hệ mới Illumina Miseq. Từ dữ liệu trình tự hệ gen vi khuẩn lao đó, chúng tôi tiến hành so sánh với các hệ...
Phát hiện ung thư bằng cách xét nghiệm đột biến gene
Ngày 10/10, Bệnh viện Ung bướu Hà Nội chính thức khai trương đơn vị xét nghiệm gene – áp dụng kỹ thuật tiên tiến nhất thế giới hiện nay về công nghệ sinh học trong chẩn đoán và điều trị ung thư. Đây là BV đầu tiên của ngành Y...
Định dạng dữ liệu FastA và FastQ
Dữ liệu về các chuỗi DNA được giải mã bởi các trung tâm công nghệ sinh học khác nhau trên thế giới. Và một trong những khó khăn đầu tiên của các nhà quản lý thông tin gặp phải là dữ liệu từ các trung tâm khác nhau có thể...
Các cơ sở dữ liệu sinh học
Hiện nay, cơ sở dữ liệu về tin sinh học được lưu trữ rất nhiều trên các ngân hàng cơ sở dữ liệu như: DDBJ(Ngân hàng csdl DNA của Nhật), GenBank (ngân hàng csdl sinh học của Mỹ), EMBL (csld dự đoán tương tác protein-protein), miRBASE (ngân hàng csdl về...
Metagenomics với Thiết bị giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)
Các vi sinh vật là rất cần thiết cho các hoạt động của sinh quyển (Falkowski et. al., 2008). Tuy nhiên, mức độ hiểu biết các chủ đề chính như mức độ đa dạng và phân bố, tương tác sinh thái, lịch sử tiến hóa và trao đổi chất cộng...
Các vấn đề thường gặp khi lắp ráp hệ gen
Sequencing error: Có thể xảy ra trong giai đoạn giải trình tự. Một số máy giải trình tự có thể thêm vào hoặc lamf mất đi một vài base (tỷ lệ thực tế 1% đến 5%) dẫn đến trình tự có sai sót. Sequencing error Ligation error: Xảy ra trong...
Hội nghị NAFOSTED lần thứ nhất về Khoa học Thông tin và Máy tính
Nhằm mục đích thúc đẩy hoạt động công bố khoa học trong nước và tạo diễn đàn trao đổi học thuật có chất lượng cao giữa các nhà khoa học, Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) quyết định tổ chức hội nghị thường niên về...
Lập bản đồ Nhiễm sắc thể như thế nào?
Sau khi lắp ráp contigs, scaffold (assembly), một câu hỏi đặt ra là làm thế nào để sắp xếp các contigs, scaffolds theo đúng hướng, đúng trật tự thành các nhiễm sắc thể. Để thực hiện việc này, chúng ta cần thêm một số thông tin, và lưu ý rằng...
Đảm bảo chất lượng hệ gen
Đảm bảo chất lượng của việc lắp ráp hệ gen và chú giải hệ gen là rất quan trọng, nếu chất lượng thấp thì nó sẽ gây ra nhiều hậu quả bởi vì sẽ có nhiều nhóm nghiên cứu khác sử dụng hệ gen này làm tham chiếu cho việc...
