Sự tái bắt cặp những read không sắp xếp được dựa vào điểm chất lượng.
Tóm tăt Nguyên nhân: Dựa vào công nghệ giải trình tự thế hệ mới, một loạt những ứng dụng trong sinh học đã được phát triển, trong đó sự bắt cặp trình tự (alignment) là bước đầu khi thu được các read giải trình tự. Những năm gần đây, nhiều...
Mô hình hóa cấu trúc protein của gen và hệ gen
Phương pháp so sánh mô hình (Comparative modelling) là một phương pháp dự đoán cấu trúc ba chiều của một chuỗi amino acid (protein) dựa vào sự liên kết của nó với một hoặc một vài cấu trúc protein đã sẵn có.Quá trình dự đoán bao gồm xác định dạng...
Chân dung ba chiều được dựng từ DNA trong một dự án nghệ thuật
Năm 2013, một nghệ sĩ ở New York, cô Heather Dewey-Hagborg đã có một dự án rất thú vị có tên gọi “Hình dung của người xa lạ” (tên gốc “Stranger visions”). Là sự kết hợp giữa nghệ thuật và khoa học hình sự, Heather thực hiện tách DNA từ...
iDoComp: Một lược đồ thu gọn cho các genome được lắp ráp
Nguyên nhân: Việc cho ra phiên bản mới nhất của dòng máy giải trình tự thế hệ mới (NGS), HiSeq X by Illumina đã làm giải giá việc giải trình tự cho người xuống chỉ còn 4000 $.Chúng ta đang chạm đến một dấu mốc quan trọng trong lịch sử...
Giới thiệu phần mềm dự đoán và chú giải cấu trúc gene: MAKER
MAKER là phần mềm có chức năng dự đoán và chú giải cấu trúc gen. Mục tiêu chính của phần mềm này là ứng dụng trên các hệ gen có kích thước nhỏ, bao gồm cả eukaryote và prokaryotic, từ đó có thể xây dựng lên cơ sở dữ liệu...
Hoàn thành giải trình tự hệ gen táo tàu
Trường Đại học Nông nghiệp Hà Bắc cùng BGI Tech đã công bố trình tự hệ gen cây táo tàu. Táo tàu là loài đóng vai trò quan trọng nhất về mặt kinh tế trong những cây họ Táo và việc giải trình tự của loài này đặc biệt khó...
Phát hiện virus thực vật trong tự nhiên nhờ RNA-seq
Giải trình tự RNA bằng các máy giải trình tự thế hệ mới đang là bước làm đột phá trong nghiên cứu virus. Bên cạnh việc phát hiện rất nhiều chủng virus có trong các cậy dại ở môi trường tự nhiên, RNA-seq cũng cho phép thu thập cả dữ...
VCF2Networks: Ứng dụng phân tích mạng lưới kiểu gen sử dụng SNP
Hiện nay với nhiều dự án giải trình tự toàn bộ hệ gen đã mở ra những phương hướng nghiên cứu về mối liên kết giữa kiểu gen và kiểu hình. Một trong những hướng nghiên cứu đó là phân tích mạng lưới kiểu gen sử dụng dữ liệu di...
RiceVarMap – Cơ sở dữ liệu toàn diện về biến thể gen lúa
RiceVarMap (Rice Variation Map, http://ricevarmap.ncpgr.cn) là một cơ sở dữ liệu về các thay đổi trong hệ gen của lúa. Cơ sở dữ liệu cung cấp thông tin toàn diện về 6.551.358 đột biến đơn điểm (SNP), 1.214.627 INDEL (insertions/deletions) trong trình tự của 1479 giống lúa. Tất cả các...
Dữ liệu Rna-seq: Thách thức và những gợi ý cho thiết kế thí nghiệm và phân tích
RNA-seq dường như đã trở thành phương pháp rất phổ biến trong phân tích biểu hiện gen cũng như phát hiện những transcript mới, xác định biểu hiện trên alen đặc hiệu hay có thể ước lượng chính xác sự dịch mã của transcript. Thiết kế thí nghiệm chặt chẽ...
