Phân tích hệ phiên mã rễ của nhân sâm mỹ qua các thời kỳ sinh trưởng khác nhau
The root transcriptome for North American ginseng assembled and profiled across seasonal development. Wu D1, Austin RS, Zhou S, Brown D Bối cảnh: Nhân sâm trong đó có sâm Mỹ (Panax quinquefolius L.) là một trong những dược liệu phổ biến trên thế giới. Từ ngàn đời nay con người...
DNAApp: ứng dụng di động phân tích dữ liệu giải trình tự
DNAApp: a mobile application for sequencing data analysis. Author: Nguyen PV, Verma CS và Gan SK Tóm tắt: Đã có khá nhiều ứng dụng được phát triển để giải mã và hình ảnh hóa những file trình tự DNA ab1 trên nền tảng Window và MAC, nhưng chưa có một...
Sử dụng Galaxy để thực hiện phân tích dữ liệu trên quy mô lớn
Using Galaxy to Perform Large-Scale Interactive Data Analyses Author: Jennifer Hillman-Jackson, Dave Clements, Daniel Blankenberg, James Taylor, Anton Nekrutenko, and the Galaxy Team Tóm tắt: Những tiến bộ trong công nghệ nghiên cứu y sinh đã cung cấp một nguồn lớn dữ liệu genomic thông lượng cao cho việc phân tích thực nghiệm. Việc tạo ra...
ISMU: Công cụ khai phá SNP
Công cụ khai phá SNP: An intergrated SNP Mining and utilization (ISMU) ISMU chạy trên nền Java, cho giao diện trực quan, chạy thử nghiệm trên hệ điều hành Linux 64bit thiết kế dựa trên hệ thống CentOS 6. Phần mềm vẫn đang thử nghiệm trên hệ điều hành Windows,...
Tập hợp các công cụ mã nguồn mở để khai thác dữ liệu khối phổ
A collection of open source applications for mass spectrometry data mining. Gallardo O1, Ovelleiro D, Gay M, Carrascal M, Abian J. Chúng tôi sẽ trình bày một số ứng dụng tin sinh học để xác định và đánh giá thành phần phosphoproteome bằng khối phổ. Những công cụ được giới...
PRADA: Quy trình phân tích dữ liệu RNA-seq
PRADA: pipeline for RNA sequencing data analysis. Torres-García W, Zheng S, Sivachenko A, Vegesna R, Wang Q, Yao R, Berger MF, Weinstein JN, Getz G, Verhaak RG. Tóm tắt: Công nghệ giải trình tự hiệu năng cao ngày càng phát triển đòi hỏi các công cụ phần mềm đi kèm...
Tổng quan về giải trình tự thế hệ mới và ứng dụng metagenomics để phân tích mối tương quan giữa thực vật và vi khuẩn
Công nghệ giải trình tự thế hệ mới ( NGS) cho phép tạo ra một số lượng lớn dữ liệu với giá thành thấp hơn rất nhiều so với các công nghệ giải trình tự truyền thống, từ đó số lượng các nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực sinh...
Corset: Phương pháp phân tích biểu hiện gene với denovo-assembled transcriptomes
Corset: enabling differential gene expression analysis for de novoassembled transcriptomes Nadia M Davidson, Alicia Oshlack Tóm tắt: Giải trình tự thế hệ mới (NGS) cho phép thực hiện nghiên cứu biểu hiện gene trên những loài vi sinh vật không thể nuôi cấy. Trong các nghiên cứu này, không cần đến...
Chọn lọc đặc điểm và phân loại protein trong tin sinh học
Efficient feature selection and classification of protein sequence data in bioinformatics. Iqbal MJ, Faye I, Samir BB, Md Said A. Tin sinh học là một lĩnh vực nghiên cứu mới trong khoảng 30 năm trở lại đây. Mục đích của tin sinh học là lưu trữ, quản lý dữ liệu...
Lắp ráp de novo hệ phiên mã Themira biloba (Sepsidae: Diptera) sử dụng k-mer có độ dài khác nhau
A pipeline for the de novo assembly of the Themira biloba (Sepsidae: Diptera) transcriptome using a multiple k-mer length approach Melicher D1, Torson AS, Dworkin I, Bowsher JH. Bối cảnh: Họ ruồi Sepsidae là hình mẫu lý tưởng để nghiên cứu chọn lọc giới tính cũng như hiện tượng lưỡng...
